故事的主角是一群与充满魔力的神石“沉默之精华”结合后诞生的魔法少女。魔法少女与SOM之间的敌对关系最终形成了一场惨烈的战争，最后身为得胜方的魔法少女势力为了塑造一个“所有物种都能互相理解”的世界而乘坐殖民船前往火星，建立了新国家。 在那35年后便是魔法少女们子孙的故事…… 而又过了数十年后便是她们子孙的子孙的故事…… 谁又曾经知道，一个十六岁的少女在四年前曾经只是一个十二岁的少女……